Pokémon Exclusivos

Como en cada juego Pokémon, hay Pokémon que únicamente aparecen en uno de los dos cartuchos. Pokémon Mundo Misterioso no es la excepción y también se cumple esta regla. Las diferencias son mínimas esta vez, pues sólo son 6 Pokémon los exclusivos por versión.

Sólo en Pokémon Mundo Misterioso:  Equipo de Rescate Rojo Porygon Mantine Feebas Milotic Roselia Plusle Sólo en Pokémon Mundo Misterioso:  Equipo de Rescate Azul Magikarp Gyarados Lapras Aipom Porygon2 Minun

Todos los demás Pokémon, es decir, los 380 restantes aparecen en ambas ediciones, incluidos todos los legendarios