Dialga (Diamante) y Palkia (Perla) son los "líderes" de respectivas ediciones como lo fueron Lugia y Ho-oh o Groudon y Kyogre. Esta vez son nuevamente dos legendarios, Dialga es tipo Acero/Dragón, mientras que Palkia y es Agua/Dragón.

Dialga y Palkia

A Palkia/Dialga los podrás capturar dentro de la Base del Equipo Galaxia en Monte Corona. Durante tus descubrimientos en el Cuartel del Equipo Galaxia, llegarás a un punto en el que tendrás que combatir contra el jefe. Guarda justo antes de hablar con él, pues si fracasas en capturar a Dialga/Palkia podrás reintentarlo.

Avanzarás por las ruinas y verás a los tres miembros más importantes del Equipo Galaxia. El líder te hablará de su misión y como podrán tener la fuerza más poderosa del mundo al poder controlar el tiempo/espacio (depende de tu versión, Diamante/Perla) y que no hay nada que puedas hacer para  detenerlos. Al terminar su discurso aparece una esfera negra que parece como un portal interdimensional y entonces aparecerá Dialga/Palkia.

En un gran  destello libera mucha de su energía comenzando a colapsar el cielo y la atmósfera. Al intentar detenerlo los administradores te detendrán y pelearán contigo. En  ese momento llegará tu Rival y se te unirá para pelear en contra de ellas.

Justo después de este combate junto a tu rival, combatirás contra Cyrus y cuando le derrotes podrás combatir contra Dialga/Palkia para calmar su furia.